По первому пункту налицо нарушение
закона Деметры. Вероятнее всего нужно по-другому поделить ответственность между классами, чтобы не возникала необходимость делать длинные цепочки вызовов.
По поводу второго пункта. PHP и так вполне себе
DDL язык. Если нужно хранить данные, то можно спокойно их хранить в специальных PHP файлах, содержащих один массив, например. И инклюдить их в нужном месте. Все эти замесы с ini-файлами (и еще того хуже xml-файлами) пошли от компилируемых языков, особенно из Java, когда описать конфиги непосредственно в Java-коде с возможностью их изменения без перекомпиляции всей программы достаточно проблематично.