Здесь очень многое зависит от условий задачи.
1. Есть или нет связь между серверами MS SQL, хотя бы раз в какое-то время.
2. БД небольшие и агрегируются целиком, или огромная и планируется не только пополнять, но и удалять записи.
3. Насколько часто вы хотите этим заниматься.
4. И много много чего ещё.
Нужно: одинаковая структура объединяемых данных, просчёт всех возможных коллизий, которые могут возникнуть при слиянии. Использовать GUID в качестве идентификаторов (можно пользоваться функцией NEWSEQUENTIALID для новых записей). Помечать какая запись откуда пришла, возможно потребуется хранить удалённые записи.
Если у вас сервера связаны, или хотя бы иногда связываются - то лучше всего работать с репликациями. Если нет - выгружать БД в бэкапы, отдельные файлы передачи данных и тп, тащить на сервер агрегации и там уже сливать в кучу.