Если коротко, то можно.
Но без доп. автоматизации не обойтись.
Прекратите пользоваться Dreamweaver (простите).
> можно ли настроить AD так, чтобы он отправлял не все файлы проекта или в ручную отправлять файлы, а только те, которые я только что сохранил!
Конечно можете. Надо написать небольшой скрипт, который будет следить за FS (я предпочитаю
watchdog. Но уверен, что и для вашего языка найдётся библиотека). Пусть ваш скрипт хранит timestamp последнего обновление. Если Текущее_датавремя_изменения > Последнего_времени_обновления - заливаем файлы на сервер.
> Есть ли программа или настройки в программе, будь то тотал командер или файлзилла или еще что, которая отправляет на фтп, только что измененные файлы
Любой библиотеки для работы с ftp воплне достаточно.