Обфускация не сильно поможет, всегда есть деобфускация, из которой можно что-либо вытащить. У вас есть два варианта:
1) Запускаете скрипт у себя на сервере, и продаёте возможность использовать API своего сервера
2) Компилируете скрипт, чтобы он был цельным модулем. (Но это намного сложнее, и будут проблемы с заказчиками)