Оттуда подчерпнул liquibase и Миграции в Doctrine. В первом приближении liquibase — вроде бы как то, что нужно. Но при первой попытке запустить/посмтреть — че-то не понравился: глючный, работает только со структурой, хранимки не подцепил, ну и вообще как-то не впечатлил. Doctrine буду смотреть.
Если вы на PHP — попробуйте Doctrine, эта ORM поддерживает очень удобные миграции. Также можно прикрутить какую-то деплой-тулзу типа Capistrano, но смысл сводится всё равно к последовательному применению ALTER-конструкций, хоть и не совсем ручками.
Для БД можно рассмотреть инструменты на www.sqlaccessories.com/ — про цены не могу сказать, насколько дорого или дёшево. Для MS SQL лично использовал в проекте, декларируется также поддержка и других БД, в том числе MySQL. Сгенерированные программой скрипты можно в SVN как обычные текстовые файлы хранить. Собственно можно хранить и бинарные файлы, только просмотр изменений будет недоступен наверное.