Покажите оба конфига, nginx абсолютно нормально обрабатывает ситуацию разные сертификаты для разных доменов, в общем случае настраивается так:
server {
listen 443 ssl;
server_name domain1;
ssl on;
ssl_certificate /etc/nginx/ssl/domain1.crt;
ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/domain1.key;
}
server {
listen 443 ssl;
server_name domain2;
ssl on;
ssl_certificate /etc/nginx/ssl/domain2.crt;
ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/domain2.key;
}
server {
listen 80;
server_name_in_redirect off;
server_name ~^(?:www\.)?(?P<host_wo_www>.+)$;
return 301 https://$host_wo_www$request_uri;
}
Для каждого домена свой сертификат на 443 порту и общая редиректилка с 80 порта на 443.