Создаёте, например, SettingsService, который записывает и загружает базовые настройки приложения через IsolatedStorage.
Как подметил товарищ Вячеслав Золотов, добавляете туда свойство IsFirstRun, при первом запуске приложения его выставляете в true. При последующем запуске уже будете знать, что приложение один раз запустилось.
Я бы добавил, на всякий случай, еще свойство, которое будет проверять были загружены настройки или нет.