помки - обычный XML, легко парсятся (парсинг копипастится за 2 минуты из StackOverflow). Проходишься циклом по всем твоим проектам на сервере (тебе лучше знать, в каком формате они лежат там), собираешь зависимости. Потом пробегаешься по собранным зависимостям - строишь граф. Потом качаешь какую-нибудь либу для визуализации графов и засылаешь всё в нее. Смотришь результат. Профит.