В итоге я залез в код джанги в django/utils/autoreload.py и принудительно отключил использование pyinotify. (Написал после всех импортов USE_INOTIFY = False) После этого заработало. Видимо проблама сввязана с модулем.
Спасибо, помогло. От себя могу добавить, что не обязательно править код джанги, можно просто сунуть эту строку USE_INOTIFY = False в конец settings.py своего проекта.
может помочь строчка sys.dont_write_bytecode = True
добавленная в manage.py . Оно не будет создавать .pyc файлы. Её стоит в последствии убрать при деплое.