Для переноса загруженного в систему файла из временной папки в папку своего приложения, следует использовать функцию
move_uploaded_file($_FILES['...']['tmp_name'], 'новый/путь/к/файлу.doc').
Проверить, что файл действительно был загружен через форму можно с помощью функции
is_uploaded_file($_FILES['...']['tmp_name']);