Лет 10 назад встраивали родной код Windows в сайты с помощью технологии ActiveX. Сейчас она не поддерживается нигде, кроме Internet Explorer.
Другие способы размещать активное содержимое - Java, SilverLight, Flash.
Наиболее широко на сайте сейчас используется для таких целей JavaScript в виду очень хорошей переносимости кода.
Исполняемые файлы, конечно, и сейчас используются в WEB. Но это из области CGI. PHP здесь далековато (его, в основном, запускают как модуль Apache).
Ваш же вопрос, судя по формулировке, к CGI отношения не имеет (ближе вариант встраивания готового приложения в страницу). Размещение произвольного приложения (типа блокнота, электронной таблицы MS Office) таким образом - из области фантастики. Не исключаю, что кто-то задумывался на эту тему. Тогда речь идет о варианте прокси.
Средний
