В общих чертах это будет примерно так. Microcosm не использовал, вероятно придётся немного допилить конфигурацию.
## Microcosm
location /api/
#location ~ ^/api/(.*)
{
## NOTE: You should have "cgi.fix_pathinfo = 0;" in php.ini
fastcgi_pass php_backend; # указать upstream
root /path/to/microcosm/m/; # каталог с microcosm.php или прописать $document_root
fastcgi_index microcosm.php;
include fastcgi_params;
#fastcgi_param QUERY_STRING $query_string;
#fastcgi_param REQUEST_URI $1;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root/microcosm.php;
}