Будут (возможно) пробемы с юникодом. Например, для имён моделей в 2.7 надо перегружать __unicode__, а в 3-м - __str__. Ну и не стоит ещё забывать, что http будёт слать всё в однобайтовой кодировке, что в 3-м питоне обозначается как тип bytes, а не str. Поэтому, иногда придётся делать decode.
Например, во фласке в 3-й ветке, тестовый клиент сохраняет данные в response-объекте в виде bytes, а JSON умеет только со строками работать (которые в 3-й теперь только юникод). Надо декодировать. Хотя в самом фреймворке (не в тестовом клиенте) не надо так делать, он сам декодит как надо.
Ну и почитай основные отличия веток: print теперь функция, методы словаря iteritems, iterkeys, itervalues упразднены, так как итераторы теперь используются по-умолчанию (остались только items, keys, values). Некоторые либы (в том числе urllib) поменяли структуру, так что некоторые модули надо будет импортить по-другому. Ну и так далее.
Средний