Есть плагин непосредственно для работы с Git:
https://github.com/alansbraga/NPPGit
Полностью git он не заменит (и плохо, что нет опции "открыть консоль в репозитории" для прочих команд), но для простых операций может быть полезен.
Сам ещё не тестил, но надеюсь, что с ним всё ок, собираюсь попозже попробовать.