Ну, во первых, частота выпадения второй картинки будет в два раза выше, чем первой и третьей (0 - [0; 0.5), 1 - [0.5; 1.5), 2 - [1.5; 2)). Для равномерного распределения используется формула Math.floor(Math.random()*N). Для того, чтобы картинка была ссылкой достаточно обернуть её в тэг <a>. В целом, лучше записать так:
var images = [['http://example/templates/skin/skinname/images/1.png', '#href1'],
['http://example/templates/skin/skinname/images/2.png', '#href2'],
['http://example/templates/skin/skinname/images/3.png', '#href3']];
var a = Math.floor(Math.random()*images.length);
document.write('<a href="'+images[a][1]+'"><img src="'+images[a][0]+'"></a>');