В протоколе usbasp есть нужные инструкции:
#define USBASP_FUNC_TPI_RAWREAD 13
#define USBASP_FUNC_TPI_RAWWRITE 14
Драйверы к программатору лежат на
гитхабе
Пример общения с программатором можно посмотреть в
исходниках avrdude, в архиве есть файл usbasp.c