$queryData = json_encode(array('query' => isset($_GET['query']) ? $_GET['query'] : '', ...));
<script type="text/javascript">
<?php echo 'var queryData = ' . $queryData . ';' ?>
</script>
<?php
echo json_encode(array('tzt'=>'\'')); // выдаёт {"tzt":"'"}
echo json_encode(array('tzt'=>'\"')); // выдаёт {"tzt":"\""}
echo json_encode(array('tzt'=>'</script>')); // выдаёт {"tzt":"<\/script>"}
echo json_encode(array('tzt'=>'<\\/script>')); // выдаёт {"tzt":"<\\\/script>"}
echo json_encode(array('tzt'=>"\x0")); // выдаёт {"tzt":"\u0000"}
?>