Нет, оказывается все дело было в thread safe и non thread safe. Я не тот DLL Phalcona Скачал. Решение для Denwer PHP 5.3.13 + Apache 2.2.22:
Скачать Phalcon 1.3.4 - Windows x86 for PHP 5.3.9 (VC9) на phalconphp.com/en/download/windows. А не Скачать Phalcon 1.3.4 - Windows x86 for PHP 5.3.9 NTS (VC9).
Разархивировать
Скопировать в ~\usr\local\php5\ext php_phalcon.dll
В php.ini (~\usr\local\php5\php.ini) добавить extension=php_phalcon.dll