Вы зря думаете, что ваш вопрос - это вопрос о системе контроля версий, а не об организации работы в вашем предприятии. Слово "git" тут можно заменить на что угодно.
Во-первых, если вы уже используете гит, введите правило: каждая фича - в своей ветке. В таком случае конфликты будут возникать не во время разработки, а в момент мёрджа веток в релиз/стейдж/тест.
Во-вторых, выделите в команде релиз-инженера, который и будет заниматься мёрджем веток в одну. Он, соответственно, и должен знать правила мёрджа каждого конфликта (читай, хорошо разбираться в проекте и понимать какую из правок принимать).
Ну а в-третьих, лично у меня был опыт работы в командах и по 30+ человек над одним проектом. Конфликты там случались крайне редко из-за правильной организации кода (например, не пихать весь яваскрипт в один файл, а разбивать его на модули) и игнорировании результатов того или иного билда (читай, убрать из под системы контроля версий всевозможные минифицированные и скленнеые файлы, собранные спрайты и всё такое, что пишется не руками, а получается в результате какого-либо билд-процесса).
Может быть эти три простых пункта облегчат вам жизнь.
Средний