Генерация сущностей носит рекомендательный характер, чтобы облегчить программисту рутинную работу.
После генерации вы должны самостоятельно исправить конфигурацию сущностей, включая все связи, в соответсвии со своими требованиями.
Надеюсь, вы знаете, чем отличается doctrine от, например, ar в yii?
Doctrine работает от схемы, описанной в конфиге сущностей, а не от схемы БД. Наоборот, схема БД генерируется на основе конфига сущностей.