//получаем список работ для пользователя user
$currentJobs = shell_exec("crontab -u user -l");
//вносим нужные изменения в расписание работ
...
//сохраняем все во временном файле
$filename = tempnam(sys_get_temp_dir(), 'crontab');
file_put_contents($filename, $currentJobs);
//обновляем cron
exec("crontab -u user " . $filename);