Я сейчас скажу очень банальную вещь: tar вас спасёт.
Пример: www.aboutdebian.com/tar-backup.htm
tar-файл записать на диск вы уж как-нибудь вы сможете.
Я использовал вариант со сжатием в gzip и передачей на лету бэкапа на удалённую машину с помощью netcat.
Преимущество такого подхода: работает везде и всегда, не требует дополнительного ПО.
