Ответов может быть несколько.
1) Начните с включения логирования медленных запросов -
www.stableit.ru/2009/12/mysql-slow-query-log.html
2) Далее по каждому медленному запросу посмотрите как работают индексы и все ли нужные индексы построены (explain запроса)
3) Посмотрите на типичные ошибки запросов -
code.tutsplus.com/tutorials/top-20-mysql-best-prac...
4) Если все это проделано, то начинайте оптимизировать базу данных (нормализовать): переделывать структуру таблиц, полей и самих запросов
5) Оптимизируйте количество запросов к базе (испольуйте пул соединений), оптимизируйте характеристики настроек стека TCP системы, поставьте SSD и т.д.