Я почти ничего не понимаю в MySQL, короче составил вот такой запрос, но проверить пока не могу, вот и решил спросить у вас, как по-другому можно сформулировать запрос или такой тоже подойдет?
SELECT
LEAST(Ax, Bx) as minX, GREATEST(Ax, Bx) as maxX,
LEAST(Ay, `By`) as minY, GREATEST(Ay, `By`) as maxY,
LEAST(Az, Bz) as minZ, GREATEST(Az, Bz) as maxZ,
@Ox := ' . $x1 .' as Ox, @Oy := ' . $y1 . ' as Oy, @Oz := ' . $z1 . ' as Oz
FROM `regions` WHERE Ox > minX AND Ox < maxX AND Oy > minY AND Oy < maxY AND Oz > minZ AND Oz < maxZ