Есть разные способы взаимодействия. Но в основном - да, это некий плагин. Для примера можно посмотреть как работает сайт Госуслуг.
При первом заходе вас просят скачать и установить некую программу, которая регистрирует плагин для IE и Mozilla браузеров. (проверял и в IE, FF и в Опера). Данный плагин позволяет коду со странички выполнить криптографические операции на токене.
Токен - это Аладдиновский ключ (CCID устройство. На висте, семерке и т.д. не требует доп драйверов) который представляет собой USB устройство с некоторым криптографическим функционалом.