В Yii есть специальные обёртки для работы с AJAX, рекомендую ознакомиться со статьёй об использовании AJAX:
www.yiiframework.com/wiki/394/javascript-and-ajax-...
В частности, JS в чистом виде рекомендуется использовать лишь в том случае, если возможностей
веб-виджетов,
JUI-виджетов и
дополнительных расширений будет недостаточно. Это делается для того, чтобы сохранить совместимость кода при переносе.
Про нюансы подключения чистого JS (внешним файлом и пропиской кода напрямую в HTML) там тоже расписано.