Эээ… что мешает если ну не посмотреть исходники, то хотя бы почитать мануал?
«The speed of the write depends on the amount of data being updated and the
number of indexes that are updated. Indexes that are not changed
do not get updated.»
dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/update-speed.html
Если в ходе апдейта не затрагивается индексированное поле, но и индекс не перестраивается. Все индексы связанные с заапдейчеными полями будут перестроены. Собственно в этом и есть смысл индексов. А какая часть в индексе будет перестроена и на сколько эффективно зависит от типа используемого индекса.