А если controls: [] не помогает? Есть идеи почему может не работать? Типа карта создается не в тот момент....
Код обычный
myMap = new ymaps.Map( 'YMapsID', {
center: [55, 55],
zoom: 7,
controls: []
});
API версии 2.1 подключаю.
Я сначала запускаю геокодер, добавляю в коллекцию необходимые мне метки, потом создаю карту и добавляю на нее коллекцию с метками.