тут все зависит от структуры сайта.
если тебе больше подходит 12 колонок-используй 12. Если 16 - используй 16.
тут от плотности контента и от подхода к его размещению надо отталкиваться, а не от ширины.
я делал сайты 1600 при 12 колонках и этого было вполне достаточно, но были и сайты в 1000 пикселей, где использовалась 16 колоночная сетка.