php.net/manual/ru/ini.core.php#ini.sect.file-uploads
убедитесь что директива прописана в нужном php.ini.
так, для консольных php-скриптов может использоваться cli/php.ini,
для php-fpm fpm/php.ini, а для апача cgi/php.ini
посмотрите, какой upstream используется в конфигах nginx.
ну и конечно phpinfo() быстро выведет используемый php.ini