2) Начну со второго вопроса. Ресурсов на русском дать не могу. Но суть работы следующая: если браузер не поддерживает воспроизведение средствами HTML5, то подтягивается фоллбэк на AS. На работу ваших скинов это никак не влияет, от этого зависит только то, как браузер воспроизводит сам контент. Все ваши контролы будут работать, так что подключайте тот swf файл, который поставляется с плагином и больше об этом не думайте.
1) Ну а теперь первый вопрос, самое, так сказать, вкусное. Кратко, можно. Подробнее:
Шаг 1. Создайте сам контрол:
<select class='quality'>
<option value='медиа объект - качество 240'>240</option>
<option value='медиа объект - качество 360'>360</option>
<option value='медиа объект - качество 480'>480</option>
<option value='медиа объект - качество 720'>720</option>
</select>
Шаг 2. Сама смена качества видео:
// подразумеваю, что переменная player - ваш плеер;
$('.quality').on('change', function() {
var currentTime = player.data("jPlayer").status.currentTime, //сохраняем текущее время
media = $(this).val(); // сохраняем значение выбранной опции
player.jPlayer('setMedia', media); // меняем медиа объект;
player.jPlayer('play', currentTime); // запускаем плеер с того места, где остановилось проигрывание в предыдущем качестве
});