Привет.
Сама постановка вопроса будто сулит какие-то проблемы на ровном месте. Жутко интересно зачем именно такое решение вам требуется, но пока ждём ответ на этот вопрос в комментариях выше, предложу черновые варианты реализации:
а) VPS, решать задачу с поддоменами средствами веб-сервера, чтобы на поддоменах отображалось соответствующее содержимое директорий, т.е.: msk.domain.tld <=> domain.tld/msk/. Таким образом вам не потребуется подключать мультисайт. Также средствами веб-сервера настраивать ограничения для ботов/UA на отображение поддомена/директории. Эта конструкция кажется очень хлипкой, учитывая, что ПС просто в принципе могут игнорировать директивы в robots.txt и аналогичные меры, считая их рекомендаительными, но не обязательными. Канонические ссылки уже настраивать средствами движка, выдавая для Google ссылки с директориями, а для Yandex ссылки с поддоменами.
б) мультисайт WordPress, с настроенными ссылками для сайтов в виде поддоменов. Настроить синхронизацию между этими сайтами внутри WordPress, добавить ограничения для ПС и канонические ссылки, как в пункте А.