С одинаковыми видеокартами проблем нет.
Могут возникнуть проблемы совместимости драйверов, если производители чипа разные (amd/nvidia) а так же если ядра видеокарта сильно отличаются (выпущены в разное время, с разницей лет в 10), так как даже в пределах одного производителя драйвера там разные и могут быть проблемы. Но совместимость это вопрос принципиальной установки, если драйвера установятся и обе видеокарты будут работать, то проблем не будет.
И конечно проблемы могут быть в использовании одновременно нескольких видеокарт одной программой (хотя с дискретными и встроенными видеокартами практика наработана на ноутбуках, но и там бывают глюки), типа монитор подключен к одной, а как ускоритель используется другая (кажется это определяется тем какой монитор выбран основным)... интересный совет, не использовать полноэкранный режим в играх (обычно там есть window borderless, визуально то же самое но технически нет)