дело в самом питоне. думаю он подглючивает.
нет никаких настроек у виндовс, чтобы брать и понижать приоритет до неработоспособности, тем более что на самом деле именно приоритет автоматически не понижается. Просто если программа ничего не делает, может засвопиться частично.
Но вот в нестабильности самого питона я уже убедился несколько раз. Надо пересматривать свою программу и свой цикл, какие там используются библиотеки и что с ними происходит. Например SimpleHTTP веб сервер на питоне не очень стабильный, точнее надо все возможные ситуации в нем предусмотреть и эксепшены правильно прописать, без этого может зависнуть просто.