заббикс это просто инструмент. головой думать все равно придется.
чтобы было легче находить хвосты, в заббиксе есть куча возможностей. например можно строить триггеры с зависимостями.
то есть можно к веб-серверу добавить мониторинг логов на предмет 5xx кодов, добавить каскадом триггеры на лог с SQL Slow Query на сервере баз данных и прочие ошибки и тэ дэ и тэ пэ.
И все это красиво разрисовать на карте в виде квадратиков, соединенных логическими связями. И тогда можно сразу видеть что и где срабатывает и кто от кого зависит. Системные проблемы сразу становятся видно. НО думать вначале что и как мониторить все равно придется.