На сколько я знаю, ассеты можно читать только последовательно, без случайного доступа, поэтому именно базу данных на них не сделать, но советую проверить, как будет работать много мелких файлов, ведь само открытие файла быстрое. Т.е случайный доступ можно симулировать, создавая по файлу на каждую запись и индексы.
P.s. Гулится что получение списка файлов медленное, и имеет смысл сделать это заранее и сохранить его отдельным ассетом