Вникаете в предметную область той задачи, для которой эта таблица используется. Всё, ответ найден.
Нет ничего удивительного в таблицах, у которых нет поля id. В предметной области может быть достаточно хороший естественный ключ.
С точки зрения производительности - да, конечно, есть смысл не хранить ненужные данные. Меньше строка => меньше таблица => в тот же объём RAM влезает больше кеша и меньше IO. Немного, правда, чистыми 8гб на каждый миллиард строк получается всего для bigint. Но если поле больше ни для чего не нужно, то почему бы и нет?