Тем более, если в NixOS это есть, то и в других никсах должно быть. Просто я не знаю - как
Программа - это то с помощью чего вы открываете файлы, они на компьютере либо есть либо их нет (бывают portable версии программ, но это наследие windows, в linux их аналогия .appimage приложения, которые распространяются как один файл и с него же запускаются).
Ярлык - это значок на рабочем столе или в меню (пуск, если это win но то же самое в linux, просто называется по другому), с помощью которого запускается программа.
Файлы - это документы или объекты, которые могут где то быть размещены, для открытия и редактирования которых нужна программа.
Это про общий подключенный диск, что ли? Подключите супруге не диск, а ее собственную папку на нем - и пусть заваливает ее, как хочет.