Если на странице уже есть приложение Angular, то можно завести элемент с котроллером с нужными зависимостями (включая $compile) и методами обработки ваших данных.
Получить этот контроллер можно с помощью выражения вида
angular.element(element).controller(). И можете делать с ним всё, что нужно.
И не забывайте обращаться к вашему контроллеру через
scope.$apply(), если ваши обращения будут менять содержимое scope. Сам scope элемента можно получить так же, как и контроллер.