Фантазия хорошая.
Фантастику пишешь?
По теме - если программа не запущена, она не может "внедриться в сканирующий код".
И даже если запущена и находится в памяти - в процессе сканирования она приостанавливается.
В Windows прикладные программы исполняются с runlevel3
(0-3 уровни исполнения процессора, на уровне 0 работает ядро системы).
При попытке внедриться с уровня 3 на уровень 0, возникает исключение (exception)
Выдаётся ошибка типа memory can not read и программа завершается.
Подробнее в книге: