Код 499 в логах nginx означает, что клиент (в данном случае, локальный сервер) закрыл соединение до того, как сервер успел отдать ответ.
Это могут быть внутренние механизмы BitrixVM, проблемы со скриптами или задачами крон, сторонние процессы или службы, взаимодействующие с nginx.
Очевидно нужен более глубокий анализ.
Я много работал с битрой, но впервые вижу YlLVE, это что-то что вы используете?