А на текущую структуру таблицы Вы смотрели, что там?
Во-первых, предложения Битрикса по исправлениям не всегда адекватны.
Во-вторых, если Битрикс исключает "ошибку" из тех, что может быть исправлена автоматически, то это означает, что при исполнении запроса что-то может пойти не так. Поэтому битриксоиды оставляют такие запросы на ручное исполнение человеком; если что-то рухнет, то сам виноват.