Если я правильно понял, ваш вопрос состоит в том, что при вводе в форму значений name1 name2 name3 вы иногда получаете в БД запись с name1, name2, name2 name1.
Мы не знаем, почему так происходит.
Кроме этого, мы не знаем, с чего вы взяли, что в форму вводили именно name1 name2 name3.
Самым очевидным объяснением (исходя из доступной нам информации) является то, что в форму тупо ввели именно эти значения: в первое поле формы name1, во второе - name2, а в третье - name2 и name1. Это простое и логически непротиворечивое объяснение. Если оно вам не подходит, то вы должны добавить в свой вопрос дополнительную информацию, которая делает это объяснение невозможным. Например привести логи, которые показывают, что в форму было введено совсем не это. Или по крайней мере добавить в вопрос полный код формы и скрипта-обработчика, а не какой-то огрызок.
Кроме этого, как вам правильно заметили в комментариях, надо учиться работать с БД правильно. И никогда не подставлять переменные прямо в запрос, а передавать их через символы подстановки. Таким образом вы сразу отсеете большое количество вероятных проблем. Читайте
как правильно использовать mysqli