В каком скоупе? По всему файлу, по выделенному куску, конкретно одну строку?
Если одну строку — Shift + Del (с порчей буфера), Ctrl + Shift + L (без порчи буфера).
Если редактируемый блок, то это, возможно, автоформат. Я, наоборот, заколебался искать, где отключается удаление вертикальных пробелов, правда, не в HTML, а в CSS. Вставишь из буфера что-нибудь, и все вертикальные отбивки удалились.