У вас каша в понимании терминологии.
1. Default Deny / "Запрещено всё, что не разрешено" - это подход к формированию политик, а не средство защиты. Противоположность Default Allow.
Сделать достаточную защиту можно при использовании любого подхода из этих двух, вопрос только в том, какой будет удобнее и уместнее в конкретной ситуации.
2. "Уязвимость нулевого дня" - это только про момент раскрытия уязвимости и её исправления, но не про её характер.
3. От ddos это точно защитит, если ты применишь Default Deny подход и запретишь ИС вообще любые способы общения с внешним миром - к тебе в дом не проберутся воры, если у тебя в доме нет дверей, окон, да и самого дома тоже.
Или если доверенное ПО открывает зараженный файл то вредоносный код файла выполнится от имени доверенного ПО?
Как настроишь, так и будет.