Query может использовать отдельную базу данных с денормализацией и индексами под поиск, а Command другую базу данных с нормальными формами и без лишних индексов для ускорения вставки. В случае микросервисной архитектуры это будет 2 отдельных микросервиса, что позволит эффективно всем управлять. Но настроить такую систему сложнее и дольше.
Независимо от БД и архитектуры, для Query и Command стоит делать разных пользователей в базе данных с разными правами, что только усиливает безопасность.