1) Создать в bind'е запись "*" (звездочка), она должна идти после всех записей для домена. Это надо будет сделать один раз.
2) В приложении анализировать заголовок HTTP-запроса "Host: ...". Можно фронтендом поставить, например, nginx и маппинг имен хостов делать на его уровне.