Можно добавить произвольные файлы JSON в конфигурацию на этапе конфигурирования приложения. Используйте для этого метод расширения
AddJsonFile интерфейса IConfigurationBuilder.
В приложениях на современном (.NET 6+) шаблоне WebApplication этот интерфейс доступен через свойство WebApplicationBuilder.Configuration, примерно так:
var builder = WebApplication.CreateBuilder(args);
//...
builder.Configuration.AddJsonFile("path_and_file.json");