Для начала можешь переименовать питоновский файл в pyw - это означает запуск без окна консоли.
А далее, разбираешься с pyinstaller, а лучше сразу с его обёрткой auto-yp-to-exe, там есть опция для оконных приложений.
Файлы данных внутрь exe я бы не вносил, они всё равно будут распакованы во временный каталог при запуске, так что только запуск замедлишь. Но если очень хочется, такая опция тоже есть, читай доки на вышеупомянутое.