Привет.
У тебя вопрос и последующий уточняющий текст живут своими жизнями, в итоге непонятно ровно ничего. Уточню:
а) что за "модуль"? Плагин? Аддон? Самописный хак? Как называется?
б) есть несколько вариантов оплаты, но в настройках есть какой-то один параметр - что это за параметр и как он относится к вариантам оплаты?
в) как именно ты хочешь сделать "клон шлюза wc_pay_1"? Зачем это делать? Что это даст?
г) "уведомление об успешной оплате придет на
http://ваш_магазин/?wc-api=wc_pay&pay=result статус заказа измениться на оплачено?" - как код написан/отредактирован, так он и отработает. Не видя код и не зная что и как ты исправишь и добавишь в нём, предугадать итог выполнения такого кода невозможно. С другой стороны, ты можешь поэкспериментировать, реализовать задуманное и получить ответ на свой вопрос через практику.
Поиграю в угадайку: если речь идёт всё же о плагине, в котором можно выбрать только один способ оплаты, то я предположу, что это базовая версия, а вся нужная функциональность есть в про/премиум версии того же плагина. Я правильно предположил?
Вообще, в целом, какую задачу ты пытаешься решить?
